1.提供菌源:大曲中数量众多的几大类微生物都是作为经过大曲发酵驯化后的“纯种”菌而提供到酿酒中去的，可以说大都是有益菌。当然如醋酸菌之类太多时，则可能会给窖内发酵带来不利。比如生酸多时，酒精则少，这是因为有害菌抑制了酵母菌的作用和争夺了窖内的营养。俗话讲“酸高倒窖”就是有害的表现。
2.糖化发酵:由于大曲的酶系作用和酵母菌的作用，大曲的“双边效应”十分明显。即窖内发酵时，可以边糖化边发酵。
3.投粮作用:众所周知，大曲的残余淀粉较高，占大曲成分的一半以上(57%)。特别是大曲的这此残余淀粉经过大曲发酵阶段的高温过程的，可以叫做可发酵的熟淀粉。这些淀粉不但可作为产生酒精的原料，更重要的是带入了众多的香味成分。因而大曲酒的产酒率规定了两种计算方式:一是原料出酒率（不含曲）;二是淀粉出酒率（含曲）。但无论哪种计算方式，都把大曲的残余淀粉列入其中，即以此证明的产酒作用。问题的关键还在于大曲的残余淀粉是属于“二次发酵”的产物，其利用价值远远大于高粱经蒸煮后进入窖内发酵的淀粉。按“复式发酵”的理论，大曲淀粉加入到窖内发酵，可称得上是“双轮底”了。由于大曲淀粉要下轮才产酒，且这部分淀粉多发酵过程沉降在窖内下部湿糟醅中，故在做湿糟时可多加2%~4%的曲药，使上轮火的曲药淀粉(糖)发酵彻底。
4.生香作用:大曲中除有众多的微生物及酶外，其发酵过程所积累的氨基酸类的芳香类物质对酒体香味的呈现起着重大的作用。已知的16种氨基酸在参与窖内发酵作用时，生成一些微量的芳香类物质，使酒体软绵细腻。大曲生香作用的重点是酸醇酯化而得到大曲酒的主体香。由于曲的含量不同或作用不同，从而影响多种香型白酒的形成，由此可见曲的重要性。还有人认为被用作制曲原料的小麦的表皮含有一种物质，在60℃左右温度的作用下，可以生成阿魏酸、香草酸、4-乙基木酚等芳香族化合物，以提供酒中的香气成分。
